Początek

Geneza EkoFunduszu sięga roku 1991, kiedy to Klub Paryski, zrzeszający państwa będące wierzycielami Polski, podjął decyzję o redukcji polskiego długu o 50%, pod warunkiem spłaty pozostałej części do roku 2010. Rząd Polski zaproponował, aby dalsze 10% długu można było przeznaczyć na wsparcie najpilniejszych przedsięwzięć w ochronie środowiska.

Była to pierwsza w skali światowej inicjatywa zamiany części długu gwarantowanego przez państwo na cele ekologiczne (tzw. ekokonwersja długu). Zgoda na tę propozycję ze strony wszystkich 16 państw wierzycielskich oznaczałaby możliwość przeznaczenia na ochronę środowiska w Polsce kwoty ponad 3 miliardów dolarów. Stanowiłoby to bardzo istotne wsparcie finansowe dla podejmowanych w kraju wysiłków w celu poprawy stanu środowiska, silnie zdegradowanego w wyniku wieloletnich zaniedbań w poprzednim systemie politycznym i gospodarczym.

Klub Paryski przychylił się do propozycji Polski stwarzając generalną możliwość zastosowania mechanizmu konwersji części długu (do 10%) na cele uzgodnione w umowach bilateralnych między Polską a poszczególnymi krajami wierzycielskimi.
Już w czerwcu 1991 roku rząd Stanów Zjednoczonych podjął decyzję o ekokonwersji 10% polskiego długu (około 370 mln USD). Stworzyło to podstawę do powołania specjalnej instytucji do zarządzania środkami finansowymi, pochodzącymi z tego źródła. W kwietniu 1992 roku Minister Finansów, działając w imieniu Skarbu Państwa, powołał EkoFundusz, nadając mu statut niezależnej, nie nastawionej na zysk fundacji.

W dniu 19 sierpnia 1992 roku Sąd Rejonowy dla m.st. Warszawy wpisał EkoFundusz do rejestru fundacji, nadając mu tym samym osobowość prawną. Prezesem Fundacji został mianowany Minister Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i leśnictwa w rządzie J.K. Bieleckiego, prof. dr hab.inż. Maciej Nowicki. Pierwsza siedziba EkoFunduszu mieściła się w budynku przy ul. Wilanowskiej 372.

Pierwsza transza pieniędzy wpłynęła na konto Fundacji w dniu 18 listopada 1992 roku. Umożliwiło to zatrudnienie trzech pierwszych pracowników, wynajęcie lokalu oraz rozpoczęcie regularnej działalności. Jeszcze w 1992 roku EkoFundusz udzielił dotacji pierwszym pięciu projektom na łączną kwotę 4, 25 mln PLN. Rok 1993 był pierwszym pełnym rokiem funkcjonowania Fundacji EkoFundusz. 

W 1993 roku decyzje o ekokonwersji części polskiego długu podjęły Francja i Szwajcaria. W dniu 2 czerwca 1993 roku podpisana została umowa z Francją (konwersja 1% długu - około 280 mln FF), a w dniu 17 grudnia - umowa ze Szwajcarią (10% długu - 78 mln CHF). W roku 1997 decyzję o ekokonwersji polskiego długu (4% - około 13 mln  USD) podjął rząd Szwecji, a rok później do krajów - donatorów dołączyły Włochy (konwersja 2% długu - około 32 mln USD). W 2000 roku na ekokonwersję polskiego długu zdecydował się rząd Norwegii przeznaczając na wsparcie projektów w dziedzinie ochrony środowiska w Polsce 10% długu - około 27 mln USD.
Łącznie więc, w wyniku podpisanych z wymienionymi sześcioma państwami umów o ekokonwersji długu, Polska otrzymała na przedsięwzięcia w ochronie środowiska kwotę 571 mln USD. Środkami tymi zarządza EkoFundusz, otrzymując je w rocznych ratach w latach 1992-2010.